Cómo usar AlphaFold3 para predecir estructuras proteicas
El modelado molecular sirve como una técnica indispensable en la investigación biológica, permitiendo a los científicos profundizar en la arquitectura y funcionalidad de las biomoléculas. Entre las diversas herramientas disponibles para este propósito, AlphaFold 3 destaca como una aplicación de vanguardia. Este modelo avanzado de aprendizaje profundo es capaz de predecir estructuras proteicas con una precisión notable. A continuación, se presenta la información sobre cómo usar AlphaFold3.
I. Sitio web y acceso
La URL del servidor de AlphaFold3 es:
https://golgi.sandbox.google.com
II. Predicción de estructuras complejas
Proteína-Iones metálicos
Los iones metálicos soportados incluyen Mg, Zn, Cl, Ca, Na, Mn, K, Fe, Cu, Co; estos diez iones metálicos. Tome 4R59 como ejemplo, que se combina con el ion metálico zinc: Introduzca la secuencia proteica, luego haga clic en Agregar entidad y seleccione Ion
Haga clic en continuar y previsualizar, y después de un tiempo, obtendrá los resultados:
El color de las marcas superiores indica la confianza en la estructura predicha, siendo el azul la mejor y el naranja la peor. La matriz de errores a la derecha, cuanto más verde, mejor es la predicción.
Cuando se alinea la estructura predicha con la estructura cristalina y el RMSD obtenido es 0.113, lo cual es un resultado muy bueno, y los sitios metálicos coinciden基本上.
Proteína-Moléculas pequeñas
A diferencia de los iones metálicos, seleccione Ligando; el servidor solo soporta diecinueve ligandos, que son ADP, ATP, AMP, GTP, GDP, FAD, NAD, NAP, NDP, HEM, HEC, PLM, OLA, MYR, CIT, CLA, CHL, BCL, BCB.
Proteína-Ácidos nucleicos
El ADN soporta la entrada de secuencias:
El ARN también soporta la entrada de secuencias:
Para Aminoácidos y Ácidos nucleicos no estándar
Para procesar aminoácidos y ácidos nucleicos no estándar, haga clic en la parte roja:
Luego aparecerá la siguiente interfaz, haga clic en el aminoácido a modificar:
Luego, por ejemplo, la S aquí puede cambiarse a NAG y luego haga clic en guardar. El ADN tiene operaciones Invertir y Modificar, mientras que el ARN solo tiene Modificar.
III. Parámetros
Copias
Para los multímeros, la estructura se construye estableciendo las copias aquí. Por ejemplo, para una proteína pentamérica, establecer las copias en 5 dará como resultado:
Semilla
La semilla es una semilla inicial y diferentes configuraciones pueden resultar en estructuras diferentes. Por ejemplo, lo siguiente establece la semilla en aleatorio, 1, 2, 3 y 100:
Se puede ver que los centros metálicos estructurales obtenidos son diferentes y la posición de los ácidos nucleicos también tiene una diferencia más grande. Sin embargo, la semilla no es mejor cuanto mayor es. Los resultados de 2 y 100 aquí están cerca, pero 100 tomará más tiempo. Por lo tanto, las configuraciones específicas deben basarse en las características de la estructura requerida.