La acetilación de la cola de las histonas hace que la cromatina adopte una conformación "abierta", permitiendo un acceso aumentado a los factores de transcripción al ADN. La identificación de las histonas acetiltransferasas (HAT) y sus grandes complejos multiproteicos ha proporcionado conocimientos importantes sobre cómo estas enzimas regulan la transcripción.

Los complejos HAT interactúan con proteínas activadoras específicas de secuencia para dirigir genes específicos. Además de las histonas, las HAT pueden acetilar proteínas no histónicas, sugiriendo múltiples roles para estas enzimas. En contraste, la desacetilación de histonas promueve una conformación de cromatina "cerrada" y generalmente conduce a la represión de la actividad génica.

Las histonas desacetilasas (HDAC) de mamíferos pueden dividirse en tres clases basándose en su similitud con diversas acetiltransferasas de levaduras. Las proteínas de la clase I (HDAC 1, 2, 3 y 8) están relacionadas con las proteínas Rpd3-like de levadura; aquellas de la clase II (HDAC 4, 5, 6, 7, 9 y 10) están relacionadas con las proteínas Hda1-like de levadura; y las proteínas de la clase III están relacionadas con la proteína Sir2 de levadura. Los inhibidores de la actividad HDAC ahora se exploran como agentes terapéuticos potenciales contra el cáncer.